中国科学院华南植物园前身为国立中山大学农林植物研究所，由著名植物学家陈焕镛院士创建于1929年，1954年改隶中国科学院，同时易名为中国科学院华南植物研究所。2003年10月，根据中科院战略部署调整，中国科学院华南植物研究所更名为中国科学院华南植物园。2013年实现中国科学院和国家生态环境部共建鼎湖山国家级自然保护区。2018年，华南植物园实现整体进入核心植物园特色研究所、部分进入南海生态环境工程创新研究院和种子创新研究院的“率先行动计划”总体目标。